Prva omemba kraja: 1260 Vegvn . . . in Vegvn . . .
Begunje so z okoli sedemsto prebivalci tretje največje naselje v občini in središče Menišije, planote, ki jo z nekdanjimi lastniki, menihi iz Bistre, še danes povezuje ime. Prvič so bile kot Vegavn omenjene leta 1260, leta 1293 so že bile last kartuzijanskega samostana iz Bistre. Ljudsko izročilo govori, da je kraj dobil ime po beguncih, ki so na območje današnje vasi prebežali pred sovražniki.
V središču vasi je cerkev sv. Jerneja, župnijska od leta 1905. Cerkev sv. Jerneja v Begunjah je bila namreč prvič omenjena leta 1320. Današnja stavba je z začetka 20. stoletja. Njeno predhodnico iz leta 1618 je varoval protiturški tabor. V kraju je še kapela sv. Ožbolta, nekdanji prezbiterij gotske cerkve. Kip Marije v njej je reprodukcija Madonne iz Trapanija na Siciliji. Izvirnik je iz 16. stoletja, begunjska Marija pa je dve stoletji mlajša. Po načrtih domačina, arhitekta Marjana Lobode, so leta 2008 v Begunjah dobili še kapelo sv. Petra, ki je posvečena slovenski prvobitnosti. Kapela je v stavbi pri župnišču, v nekdanji šoli. Slednjo so zgradili leta 1859, na njej sta učila tudi Jožef Žirovnik in Mihael Kabaj. Žirovnik je leta 1898 izdal delo Cerkniško jezero, Kabaj pa leta 1925 knjigo Cerkniško jezero in okolica. Osnovno šolo Maksima Gasparija v Begunjah danes obiskujejo učenci do vključno 5. razreda, nato pouk nadaljujejo na matični šoli v Cerknici.
Begunje so vodovod dobile leta 1892, dve leti za Ljubljano in devetnajst let pred Cerknico. Po vodo so nato hodili k stebrom, ki so bili po vasi, a namesto njih so kmalu uredili tri korita. Eno je zgledno obnovljeno. V kulturnem domu so imeli tudi knjižnico, na tem mestu je zdaj nov gasilski dom, s prostori za društva in večnamensko dvorano.
Edino večje podjetje v kraju je naslednik predvojne žage. Več žag in mlinov je v preteklosti delovalo ob Cerkniščici, ki ločuje begunjsko in cerkniško faro.
V Begunjah so rojeni: poslanec v državnem zboru na Dunaju Jakob Hren, (1830–1924) duhovnik in prvi prevajalec Božanske komedije v slovenščino Jožef Debevec (1867–1938), njegova sestra in gospodinja, avtorica kuharskih knjig Marija Remec (1869–1956) ter prva znanstvenica na univerzi v Ljubljani s področja fizike Snegulka Detoni (1921–2916).
Povzeto po prispevku Maruše Mele Pavlin, objavljen v Slivniških pogledih. Celoten prispevek v knjigi Od Unca do Zahriba ...